中心的建设、运行与维护经费由学校直接投入，通过常规+专项形式足额及时到位。学校每年在教学经费预算中明确中心的运行与维护经费不少于100万元，包括仪器设备购置与维修费、实验项目耗材费、实验教学改革和研究经费、实验人员培训经费、实验室环境改造经费等。中心的场所土建改造、大型仪器设备添置、大批量仪器设备更新，由学校安排专项经费予以解决。学校和中心制定了完备的仪器设备管理制度，涵盖仪器设备申请采购管理、贵重仪器设备管理、仪器设备损坏丢失赔偿管理、仪器设备维修管理、仪器设备报废管理等方面。国有资产管理处负责全校仪器设备的采购、入账、维修、报废等组织工作，设备从申请、购置到安装、验收各环节程序完整。

中心仪器设备总帐由中心主任指定专人管理，定期进行检查核对，确保仪器设备的帐、卡、物相符，帐、物相符率达100%。

中心对所有仪器设备明确了责任人，负责与设备厂商联系，落实维护、检修、校正和故障解决。大型精密贵重仪器设备建有专门技术档案，使用记录详细、信息完备。各实验室技术人员负责仪器设备的维修和维护工作，对在用仪器设备做到操作规范、及时保养、定期维护、损坏及时登记、及时报修并做好维修记录，保证了仪器设备处于完好状态，仪器设备完好率达95%。

学校成立了仪器维修中心，每年根据设备总值安排基本维修经费，并结合学生人数、人时数，结合开放度、利用率、工作量等因素，经综合考核进行追加，足额到位。